Supercómputo
ACT. CARLOS ERNESTO LÓPEZ NATARÉN
Infraestructura en apoyo al área

Actualmente contamos con los siguientes servidores para la infraestructura de cómputocientífico del Instituto:

Generales: Mingus, Ellington, Coltrane y Masterlab

Del grupo de nanociencia computacional (Red de Grupos de Nanociencia): Baktum, Imanya y Kiral

Del grupo de investigación del Dr. Bokhimi: Khua, Tlaloc

Algunos datos que son de interés:

Cluster Mingus

Descripción del Hardware: El nodo master cuenta con 99GB en RAM y los nodos esclavos cuentan con 66GB en RAM
2 nodos (duales) Poweredge 6145,
2 procesadores AMD Opteron 6282 a 2.6 Ghz en cada nodo i.e. tenemos 8 procesadores (por la naturaleza dual de cada nodo)
16 cores por procesador
4x2MB L2 Caché
16 MB L3 Caché
20 TB de capacidad de almacenamiento gracias a un RAID 5 Dell MD 1200 con la siguiente capacidad de cómputo (teórica):

Aproximadamente 755 Gigaflops por nodo.

Un conteo total de 175 cores de potencia en todo el cluster.

Además de que el nodo2 tiene conectado un chasís PCI Exprés PowerEdge C410x PCIe que nos permite tener hasta el momento un GPU Tesla M2090 con las características siguientes:

1.30 GHz de reloj
6 GB de RAM de GPU
512 Cores CUDA
Capacidad de cómputo de CUDA: 2.0
1331 Gigaflops de capacidad máxima de cómputo utilizando los threads al máximo en este dipositivo en un solo momento)

Número de usuarios: 56 entre investigadores, , disponible para todo el personal académico del instituto.
Recursos usados Se utiliza para simulaciones utilizando Aliroot, simulaciones de interacciones de hidrógeno con programas en fortran, aplicaciones propietarias como lumerical, terachem, también aplicaciones personalizadas utilizando MKL y bibliotecas de ´lgebra lineal y CUDA.

Cluster Baktum

Descripción del Hardware: 4 nodos (eight-core) Poweredge R910, 4 procesadores Intel Intel Xeon CPU E7-8837 a 2.67GHz en cada nodo, 8 cores por procesador, 4x2 MB L2 Caché, 24 MB L3 Caché, 512 GB de RAM, con la siguiente capacidad aproximada de 800 Gigaflops por procesador. Controladora PERC H200 con seis discos que nos dan una capacidad total de 4.5 TB de almacenamiento.
Número de usuarios: 16, disponible a estudiantes de licenciatura, maestría y doctorado involucrados con los investigadores del grupo de nanociencia computacional
Recursos usados Simulaciones utilizando SIESTA y DDSCAT, aplicaciones para nanociencia como Lumerical y .
Software Instalado
Centos 6.4
Intel Fortran Compiler - XE Composer 2013
BLACS - v1.1
SIESTA - 2.0.1 (con soporte para MPI y modificaciones del grupo de nanociencia computacional)
DDScat - 7.1.0 [10.03.03]

Workstation Ellington:

Descripción del Hardware: 1 nodos dual core, Intel Xeon E5-2650 0 @ 2.00GHz 64 GB de RAM y disco duros de 1 TB.
Número de usuarios: 16, activos en el últimos mes, 15
Software Instalado
Blacs - v1.1
MKL - 10.1
IMSL - lnxin100e64
c-34 - 4.0
Intel Fortran Compiler - 10.0 20070426
Maple - 12
MPICH - 1.2.7p1
OpenMP - 10.0 20070426
Scalapack - v1.8
BLACS - 1.1
Siesta - 1.2.18, 2.0.1mpi, 2.0.2-rc-9
Torque - 2.2.1
CosmoMC - q3
R - 2.8.0
NwChem - 6.0
ganglia - 3.0.5
cernlib - release 2006


Workstation Coltrane

Descripción del Hardware: HP Workstation, 2 Procesadores Xeon 2.93GHz, 6GB de RAM, 1 disco duro de estado sólido de 180 GB y 1 disco duro SATA de 7200 rpm de 1TB.
Número de usuarios: 16, Disponible para la comunidad del instituto.
Recursos usados Al menos un año de tiempo de CPU utilizado en simulaciones de estudiantes de posgrado y licenciatura
Software Instalado
CUDA - 4.0
Quantum Espresso - PRACE (CUDA Enabled con soporte para MultiGPU)
Intel Fortran Compiler - XE Composer 2011




Laboratorio Masterlab:

Descripción del Hardware: 15 Nodos iMac de Apple con 2 GB de RAM y un servidor Mac Pro con 3 GB de RAM y un disco duro de 500 GB.
Número de usuarios: 126, activos en el último mes,45
Recursos usados más de 15 cursos de licenciatura y posgrado en los últimos tres años
Software Instalado
Mac OS X - 10.5 Leopard
Intel Fortran Compiler - 11.0
MKL (Math Kernel Library) - 10.0.011
Python - 2.5, 2.7
Scipy - 0.10.0
Numpy - 1.5.1
R - 2.12
Mathematica - 6
OpenMPI - 1.4.4
Maple - 13
VirtualGL - 2.2.90
TurboVNC - 1.0.2
NX - 0.7.2
Matlab - R2010a
Smoldyn - 2.15
VCell - 4.8


Cluster Imanya:

Descripción del Hardware: 3 nodos Mac Pro dual quad core a 2.26 Ghz, 32 GB de RAM y un disco duro RAID 1 de 1 TB.
Número de usuarios: 7, activos en el último mes, 4. Disponible a estudiantes de licenciatura, maestría y doctorado involucrados con los investigadores del grupo nanociencia computacional
Recursos usados Al menos 2 años de tiempo de CPU en corridas de ddscat y SIESTA.
Software Instalado
Intel Fortran Compiler - 10.01, 11.0, 12.0
MKL - 10.0.014
MPICH- 2-1.2.1p1
Scalapack - 1.8
BLACS - v1.1
SIESTA - 2.0.1 (con soporte para MPI)
DDScat - 7.1.0 [10.03.03]


Cluster Kiral:

Descripción del Hardware: 4 Nodos Mac Pro Doble Dual Core Xeon a 2.66 Ghz, 16 GB de RAM en cada cada nodo y un disco duro RAID 1 de 500 GB.
Número de usuarios: 9, activos en el último mes, 5. Disponible a estudiantes de licenciatura, maestría y doctorado involucrados con los investigadores del grupo nanociencia computacional
Recursos usados Al menos 3 años de tiempo de CPU en corridas de ddscat y SIESTA.
Software Instalado
Intel Fortran Compiler - 10.01, 11.0, 12.0
MKL Math Kernel Library - 10.0.014
MPICH - 2-1.2.1p1
Scalapack - 1.8
BLACS - v1.1
SIESTA - 2.0.1 (con soporte para MPI)
DDScat - 7.1.0 [10.03.03]


Cluster Khua:

Descripción del Hardware: 1 nodo con 4 procesadores Xeon six-core a 2.66 Ghz, con 64 GB de RAM, 4 tarjetas Nvidia Tesla 2050 con 448 cores cada una y 1 disco duro de 1 TB.
Número de usuarios: 18, activos en el último mes, 10
Recursos usados Seis meses de corridas de Gaussian, NwChem y Quantum Espresso en modo serial.
Software Instalado
Intel Fortran Compiler - 12.0.0 20101116
MKL - 10.3
MPICH - 2
PGI Fortran - Fortran 2003 CUDA enabled
NwChem - 6.0
Gaussian - 09
Jmol - 12.2
Quantum Espresso - PRACE (CUDA Enabled)
CUDA - 4.0


Cluster Tlaloc:

Descripción del Hardware: 1 nodo con 2 procesadores quad-core Xeon a 2.8 Ghz, 2 tarjetas GeForce GTX 580 con 512 cores cada una y 12 GB de RAM y disco duro de 500 GB.
Número de usuarios: 40, activos en el último mes, 40
Recursos usados Tres meses de operación sirviendo como un servidor de docencia, para la enseñanza de programación utilizando GPU's
Software Instalado
Intel Fortran Compiler - 12.0.0 20101116
MKL - 10.3
MPICH - 2
PGI Fortran - Fortran 2003 CUDA enabled
NwChem - 6.0
Gaussian - 09
Jmol - 12.2
Quantum Espresso - PRACE (CUDA Enabled)
CUDA - 4.0


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