Our People


Rubén Santamaría Ortiz
Professor
Affiliation: Theoretical Physics

Building : Marcos Moshinsky, Cubículo: 209
Phone: 56225145 ext 2324


Research Lines

  • Molecular Biophysics: Structural and energetic characterization of the DNA in the quantum mechanical framework
  • Development of interdisciplinary methods to establish a link of molecular dynamics with thermodynamics and fluid mechanics
  • Development of quantum mechanical methods and their applications to molecular systems

Grants/Projects

  • Proyectos Frontera, 2023-2025, Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología,
  • Renovacion de Proyecto: Desarrollo de métodos de simulación computacional aplicados al área de biofísca molecular Fecha de vigencia: enero de 2019 - diciembre de 2019, finalizado, 2019-2019, Dirección General de Asuntos del Personal Académico,
  • INTERACCIONES MOLECULARES DE LA MATERIA A LA NANOESCALA: UN ENFOQUE TEORICO-EXPERIMENTAL, 2016-2017, Instituto de Física,
  • Development of a Massive Parallel Multiscale Simulation Software for Chemistry , 2016-2018, Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología,
  • Calculos de primeros principios de la distribucion electronica y estructural de nanoparticulas a alta presion, 2013-2013, Laboratorio de Rayos-X,
  • Estudio de moléculas biológicas tipo ADN y sus interacciones con otros compuestos biologicos, 2010-2016, Otra,

Latest Articles

  • Rodriguez-Leon, AI; Santamaria, R, Simulating the Helicase Enzymatic Action on ds-DNA: A First-Principles Molecular Dynamics Study, Acs Omega, January 2025; 10(4), 3627-3639, DOI: 10.1021/acsomega.4c08555 [V], Link
  • Oscar Gutiérrez-Varela, Julien Lombard, Thierry Biben, Ruben Santamaria, and Samy Merabia, Vapor Nanobubbles around Heated Nanoparticles: Wetting Dependence of the Local Fluid Thermodynamics and Kinetics of Nucleation, Langmiur, December 2023; 39(50), 18263–18275, DOI: 10.1021/acs.langmuir.3c02096 [V], Link
  • Ruben Santamaria & Jacques Soullard, Revisiting particle dynamics in the NPT ensemble under the extended Lagrangian approach, Molecular Simulation, January 2023; 49(9), 12, DOI: 10.1080/08927022.2023.2195010 [V], Link
  • O. Gutiérrez-Varela, S. Merabia, R. Santamaria, Size-dependent effects of the thermal transport at gold nanoparticle-water interfaces, Journal of chemical physics, July 2022; 157(2022), 084702, DOI: 10.1063/5.0096033 , Link
  • C. J. Ordoñez Martínez, D. Martínez-Zapata, R. Santamaria, Dissociation of the Watson-Crick base pairs in vacuum and in aqueous solution: a first-principles molecular dynamics study, Jour. Biomolec. Struct. & Dyn., October 2021, DOI: 10.1080/07391102.2021.1987988 ,

Selected Books

  • Ruben Santamaria, Fundamentals of molecular dynamics (finalizado), , finalizado, , Estados Unidos de América, ISBN: por definir editorial, July 2019

Former Students

  • Yardiel Bonilla Galicia, Inteligencia artificial en la predicción de fuerzas interatómicas, 2024-09-11, Licenciatura
  • Ángel Iván Rodríguez León, Simulando la acción enzimática de la helicasa en ds-DNA: un estudio de primeros principios, 2023-08-10, Maestría
  • Oscar Javier Gutiérrez Varela , Thermophysical properties of nanofluids , 2023-06-12, Doctorado
  • Eduardo Hernández Huerta, Primera ley de la termodinámica a partir de teoría Lagrangiana y su aplicación en sistemas nanométricos, 2022-03-25, Doctorado
  • Daniel Martínez Zapata , Daño causado en las bases nucleicas de tipo Watson-Crick por nanopartículas de níquel : un estudio de dinámica molecular cuántica , 2020-10-28, Doctorado
  • Oscar Javier Gutíerrez Varela, Validando la ley de Stokes a escala molecular, 2019-08-30, Maestría
  • Cristian Joel Ordóñoz Martínez, , Calculos de las Fuerzas de puentes de hidrogeno en los pares de bases Watson-Crick simulando AFM con SMD, 2017-07-06, Maestría
  • Antonio Álvarez de la Paz , Modelo de confinamiento molecular con efectos de presión y temperatura , 2017-02-28, Maestría

Technical Reports

  • Proyecto 3670 Ciencia Básica y de Frontera 2023-2024, Consejo Nacional de Humanidades, Ciencia y Tecnología (CONAHCyT), Enviado, Dra. Angélica Leonor Gelover Santiago, Dirección de Ciencia Básica y de Frontera, , , April 2024
  • Proyecto 3471 Ciencia Básica y de Frontera 2023-2024, Consejo Nacional de Humanidades, Ciencia y Tecnología (CONAHCyT), Enviado, Dra. Angélica Leonor Gelover Santiago, Dirección de Ciencia de Frontera, , , January 2024
  • Proyecto 4027 Ciencia Básica y de Frontera 2023-2024, Consejo Nacional de Humanidades, Ciencia y Tecnología (CONAHCyT), Enviado, Dra. Angélica Leonor Gelover Santiago, Dirección de Ciencia de Frontera, , , January 2024
  • Proyecto 2314 Ciencia Básica y de Frontera 2023-2024, Consejo Nacional de Humanidades, Ciencia y Tecnología (CONAHCyT) Ciencia Básica y de Frontera 2023-2024, Enviado, Dra. Angélica Leonor Gelover Santiago, Dirección de Ciencia de Frontera, , , January 2024
  • Réferi de 4 proyectos Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACyT) Dirección de Investigación (CONACyT), Ruben Santamaria, Propuesto, 0242880 0237555 0237185 0240904, 01 Nov 2014, 100, November 2014
  • Réferi de proyecto Programa de Apoyo a Proyectos de Investigación e Innovación Tecnológica (PAPIIT), DGAPA, Ruben Santamaria, Propuesto, IN-109915, 20 Oct 2014, 25, October 2014
  • Réferi de proyecto Posdoctoral (No. Reg. 00122888) Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACyT) Responsable de Comité de Evaluación de Estancias al Extranjero: Q.F.B. Miguel I. Rodríguez, Ruben Santamaria, Aceptado, , , , February 2010
  • Sinodal en examen de Doctorado Estudiante: Eduardo Rangel Cortés Tesis: Adsorción de H2O y H2 en superficies de carbono Instituto de Física, UNAM, Ruben Santamaria, Aceptado, , , , February 2010
  • Sinodal de tesis de Maestría Estudiante: Adrián Mauricio Escobar Ruiz Tesis: Aproximaciones electrostáticas para cadenas moleculares hidrogenoides de 1 y 2 electrones en campos magnéticos intensos Instituto de Ciencias Nucleares, UNAM, Ruben Santamaria, Aceptado, , , , January 2010